Un subconjunto de pacientes con enfermedad mitocondrial tiene problemas significativos y / o recurrentes con la alimentación.

Obstáculos a la ingesta adecuada pueden ser de naturaleza mecánica, debido a un problema con la motilidad intestinal; esto puede incluir el reflujo gastroesofágico, vaciado gástrico lento y  alteración de la motilidad intestinal  que puede tener también  hinchazón y molestias abdominales. Todo ello puede estar motivado por la disfunción del sistema nervioso autonómico o neurovegetativo.

Una falta de coordinación del reflejo de chupar o tragar puede ser debido a deterioro neurológico (por ejemplo, debilidad bulbar) y podría empeorar cuando el paciente está enfermo o cansado.

Los problemas en otros órganos también pueden afectar la ingesta. La enfermedad hepática, pancreática o renal mitocondriales, puede estar asociada con anorexia